治疗腹泻，是否止泻要根据病因。腹泻有感染性与非感染性之分，感染性腹泻是由细菌病毒、真菌、寄生虫等病原体引起，如菌痢、细菌性食物中毒、病毒性肠炎等；非感染性腹泻常见于受凉、消化不良、胃肠功能紊乱及甲亢、糖尿病、尿毒症等全身性疾病。感染性腹泻是人体自我保护的一种体现，借此可排泄掉一部分病菌及毒素，对人体有益，如果盲目止泻，对病情转归反而不利。原则上讲，止泻药只适用于非感染性腹泻，而感染性腹泻一般不用，尤其是在急性期，有中毒症状（高烧）较明显，脓血便较多时，应视为止泻剂的绝对禁忌，到了恢复期，病情明显好转，大便不带脓血，仅是水分较多时，也可短时服用止泻剂。
其次要注意腹泻的机理不同，用药也不同。如果是肠蠕动增快所致，如甲亢、糖尿病、胃肠功能紊乱等，应首选肠蠕动抑制剂，以延长肠内容物滞留时间，利于水分吸收而止泻；如果是由肠粘膜分泌增加引起的腹泻，如霍乱、细菌性食物中毒等，可以选择收敛剂、吸附剂，通过抑制肠粘膜分泌及吸附有害毒素而起到止泻作用。如果是由于粘膜炎症及溃疡导致渗出增加引起的腹泻，可选择粘膜保护剂以保护粘膜，吸附和清除细菌、病毒及毒素。因肠道内菌群引起的婴幼儿腹泻及抗生素相关性腹泻，应该首选微生态制剂，通过补充肠道益生菌，恢复肠道内生态平衡，起到调整胃肠道功能及止泻之功效。有些腹泻并非单一因素所致，则宜酌情联合用药。
第三，止泻只是一种对症治疗，病因治疗才是根本。因此止泻补液的同时，切勿忽视原发病的治疗。如果是感染性腹泻，应选用敏感抗生素控制感染，如果是消化不良所致，应从调理饮食入手，如果是胃肠功能紊乱引起的，可选择调节植物神神经功能的药物及镇静剂等等。
止泻剂服用过量，可引起腹胀、便秘假性肠梗阻。感染性腹泻服用止泻剂，可掩盖病情，影响医生诊断。菌痢病人服用止泻剂常影响肠道对细菌及毒素的排泄，使毒血症状加重，病程延长。溃疡性结肠炎急性期用止泻剂，可诱发中毒性巨结肠穿孔。此外，复方苯乙哌啶、可待因等含有麻醉成份，长期服用可以成瘾。
